事業譲渡と株式譲渡の違い｜売り手・買い手別のメリット・税務インパクト・選択軸を弁護士解説

「会社の事業を売却したいが、事業譲渡と株式譲渡のどちらが良いのか分からない」「買い手側として検討しているが、それぞれの違いを整理したい」——M&Aを検討する経営者から、最も多く寄せられるご相談のひとつです。

このページでは、約120社の顧問契約を担当する弁護士法人ブライトが、事業譲渡と株式譲渡の構造の違い・選択軸・税務インパクト・実務での落とし穴を、売り手・買い手双方の目線で解説します。

事業譲渡と株式譲渡は、見た目は「事業の売買」ですが、法的構造・承継範囲・税務取扱い・スピード・リスク移転の全てで根本的に異なります。スキーム選択を誤ると、想定外の税負担や、引き継いだはずの権利義務が承継できていない事態が発生します。

この記事でわかること

• 事業譲渡と株式譲渡の法的構造の違い
• 売り手・買い手それぞれの視点でのメリット・デメリット
• 税務インパクトの比較（譲渡所得・消費税・繰越欠損金）
• スキーム選択の判断軸（簿外債務・許認可・従業員・事業規模）
• 実務での落とし穴と予防策

この記事のポイント

• 事業譲渡＝個別の権利義務を売買、株式譲渡＝会社丸ごと売買
• 事業譲渡は簿外債務リスクを切り離せる代わりに、契約・許認可の個別承諾が必要
• 株式譲渡はスピードが速い代わりに、潜在債務リスクを買い手が引き受ける

この記事の監修者

和氣 良浩（わけ よしひろ）

弁護士法人ブライト｜代表弁護士／パートナー弁護士

弁護士歴20年（2006年登録）／大阪弁護士会／大阪大学法学部卒

専門：顧問弁護士・企業法務・M&A・経営権紛争・事業再生

事業譲渡と株式譲渡の法的構造

事業譲渡とは

事業譲渡は、売り手会社が保有する「事業」を構成する個別の権利義務（資産・負債・契約・知的財産・許認可・人材等）を、買い手側に売買契約により譲渡するスキームです。会社法第467条以下に規定されています。

事業譲渡の本質は「個別承継」です。譲渡対象として何を含め何を含めないかを、契約書の中で具体的に列挙する必要があります。逆に言えば、特定の負債（例えば訴訟係属中の損害賠償債務、税務リスク、潜在的な労務リスク）を除外して譲渡することができます。

株式譲渡とは

株式譲渡は、売り手会社の株主が保有する株式を、買い手側に売買するスキームです。買い手は会社の株主となり、結果として会社が持つ全ての権利義務を間接的に支配します。

株式譲渡では、会社自体は変わらず、ただ株主が変わるだけです。会社が結んでいる契約・保有する許認可・従業員との雇用関係・債権債務関係は全てそのまま継続します。

売り手視点でのメリット・デメリット

売り手×事業譲渡

売り手にとって、事業譲渡には以下のメリットがあります。

• 会社自体は維持され、譲渡対象としなかった事業・資産は引き続き保有できる
• 会社のガラ（法人格）を残し、別事業を継続したり清算したりできる
• 譲渡対価が会社に入るため、株主は会社経由で配当または資本剰余金として受け取る

一方、デメリットは以下の通りです。

• 会社が譲渡対価を受け取るため、譲渡益に対して法人税が課税される
• その後株主が配当または清算で受け取る際、二重課税となる可能性がある
• 個別承継のため、契約・許認可・従業員の同意取得に時間がかかる

売り手×株式譲渡

売り手にとって、株式譲渡には以下のメリットがあります。

• 株主が直接対価を受け取るため、譲渡所得税のみで完結（個人株主は20.315%の分離課税）
• 会社の権利義務がそのまま承継されるため、移転手続の時間が短い（最短数週間）
• 表明保証等で潜在リスクは契約上開示すれば、簿外債務の責任は買い手に移転

デメリットは以下の通りです。

• 会社の全ての権利義務が買い手側に移るため、特定事業のみを切り出せない
• 表明保証違反で売り手に補償責任が残るリスク
• 株主が複数いる場合、全員の合意取得が必要

買い手視点でのメリット・デメリット

買い手×事業譲渡

買い手にとって、事業譲渡には以下のメリットがあります。

• 譲渡対象を限定できるため、簿外債務・潜在リスクを切り離せる
• のれん相当額を税務上償却できる場合がある（5年均等償却）
• 承継したくない契約・従業員を除外できる

デメリットは以下の通りです。

• 契約・許認可の個別承諾取得に時間がかかる
• 従業員は新規雇用扱いとなるため、勤続年数・有給休暇等のリセットを巡る労働組合・従業員との交渉が発生
• 不動産取得税・消費税等の取引税が発生

買い手×株式譲渡

買い手にとって、株式譲渡には以下のメリットがあります。

• 会社まるごと取得のため、契約・許認可・人材を一括承継できる
• 取引税が発生しない（株式取得は消費税非課税）
• クロージングまでのスピードが速い

デメリットは以下の通りです。

• 会社の簿外債務・潜在的な税務リスク・労務リスクを丸ごと引き受ける
• のれん相当額を税務上償却できない（株式取得は資本的支出）
• デューデリジェンス（DD）の範囲が広く、調査コストが高い

税務インパクトの比較

同じ「事業を売買する」でも、税務上の取扱いは大きく異なります。一般的な傾向を整理すると以下の通りです。

譲渡所得課税

• 事業譲渡：会社に法人税が課税（譲渡益×実効税率約30%）。その後配当時にさらに課税
• 株式譲渡：個人株主の場合は分離課税20.315%で完結。法人株主の場合は法人税課税

消費税

• 事業譲渡：譲渡対象資産のうち課税対象資産分に消費税課税
• 株式譲渡：消費税非課税

繰越欠損金

• 事業譲渡：売り手会社の繰越欠損金は買い手側に承継されない
• 株式譲渡：買い手側で買収後の業績次第で繰越欠損金を活用可能（一定の制限あり）

赤字会社の救済型M&Aでは、繰越欠損金の活用可否が買収価格や買収意欲に直結します。スキーム選択時に税理士・弁護士で連携した試算が必須です。

スキーム選択の判断軸

① 簿外債務リスク

売り手会社に潜在的な簿外債務（係争中の訴訟、未払残業代、税務リスク等）が大きいと判断される場合、買い手は事業譲渡を選好します。逆に、売り手会社の財務内容が透明で簿外債務リスクが低い場合、株式譲渡のスピードメリットが活きます。

② 許認可・契約の重要度

事業の根幹に許認可（建設業許可・宅建業免許・古物商許可・産業廃棄物処理業許可等）が紐づいている場合、事業譲渡では許認可を新規取得する必要があるため、株式譲渡が有利です。同様に、長期にわたる重要契約（販売代理店契約・OEM契約等）の継続性が重要な場合も株式譲渡が選好されます。

③ 従業員の処遇

事業譲渡では従業員は新規雇用扱いとなり、勤続年数・有給休暇・退職金算定基礎等がリセットされます。買い手側では、これらの条件を引き継ぐ「継続雇用契約」を個別に提示することが多いですが、従業員側の同意が前提となるため、優秀人材の流出リスクが伴います。

株式譲渡では雇用関係はそのまま継続するため、従業員側の手続的負担はありません。ただし、株主交代を契機とした「キーパーソンの離職」は両スキームで発生し得るため、ロックアップ条項・退職一時金等の手当てが必要です。

④ 売り手の事業継続意欲

売り手が会社の他事業を引き続き経営したい場合は、事業譲渡が選好されます。一方、会社丸ごと売却して引退・転換する意向の場合は株式譲渡が自然です。

実務での落とし穴と予防策

① 表明保証範囲の設定不足

株式譲渡では、売り手による表明保証の範囲が買い手のリスクヘッジの中核です。表明保証の項目（財務・税務・労務・知財・契約・コンプライアンス等）と、違反時の補償上限・期間・知見除外の設計を、初期段階で慎重に詰める必要があります。

② 事業譲渡の対象資産・負債リストの精度

事業譲渡では、譲渡対象の資産・負債・契約・許認可・人材等を契約書の別紙として詳細に列挙します。リストから漏れた項目は譲渡されないため、後日「これも引き継いでいるはずだった」とのトラブルが頻発します。デューデリジェンス時に売り手協力を得て、抜け漏れのないリスト作成が必須です。

③ 競業避止義務の地理的・時間的範囲

会社法第21条は事業譲渡時の売り手側の競業避止義務を法定していますが、株式譲渡では法定の競業避止はなく、契約で個別に定める必要があります。買い手側にとって、譲り受けた事業の価値を守るためには、売り手側の役員・キーパーソンとの個別の競業避止合意が極めて重要です。

④ 反社会的勢力チェック

株式譲渡で会社丸ごと取得すると、過去の反社会的勢力との取引履歴も承継するリスクがあります。デューデリジェンスで反社チェックを徹底することと、表明保証で反社条項を明記することで予防します。

顧問弁護士によるM&A支援

事業譲渡・株式譲渡の選択は、その後の数年〜数十年の事業運営に影響する重要な意思決定です。スキーム選択・契約書ドラフト・デューデリジェンス・表明保証交渉・クロージングまで、専門家チームのリードがなければ進められない領域です。

弁護士法人ブライトでは、顧問契約の延長としてM&A初期相談からスキーム選択・実行支援までを伴走しています。M&A実務に精通した弁護士、税理士、公認会計士のチーム体制で、売り手・買い手いずれの立場でも対応可能です。スモールM&Aの落とし穴 や 顧問弁護士の選び方 も併せてご覧ください。

まとめ

事業譲渡と株式譲渡は、表面的には似ていても、法的構造・税務・スピード・リスク移転の全てで根本的に異なるスキームです。「どちらが正解」というものではなく、売り手・買い手の事情、事業の特性、簿外債務リスクの程度、税務インパクト等を総合的に検討して選択する必要があります。

初期検討段階から専門家のリードを受けることで、選択ミスによる後日のトラブルを大きく減らせます。M&Aをご検討の経営者様は、ぜひ顧問契約の中で継続的にご相談いただくことをお勧めします。

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