36協定（サブロク協定）に違反した場合のリスクと社長がとるべき対応

「残業が増えてきたけど、36協定の上限ってどこまでだったっけ」――忙しい時期が続くと、ふとそんな不安が頭をよぎることはないでしょうか。協定書は確かに結んでいる。でも今の現場の残業実態が、その協定の範囲に収まっているかどうか、正直自信がない。そんな状態のまま月が変わり、また忙しい時期が来る。多くの会社でこのサイクルが続いています。

36協定（時間外・休日労働に関する協定）の違反は、「知らなかった」では済まない問題です。しかし同時に、正しく理解して体制を整えれば、十分に防げる問題でもあります。この記事では、違反が起きる構造・発覚したときの対応・再発を防ぐ仕組みづくりを、社長の判断に役立つ形でまとめます。

36協定違反はなぜ「気づかないうちに」起きるのか

36協定に違反しているかどうかは、月の途中ではなかなかわかりません。残業時間の集計は多くの場合、月末締め・翌月確認。問題が数字として見えてくるのは、すでに超えてしまった後です。

さらに構造的な問題として、以下のような状況が現場では起きています。

• 管理職が「うちの部門は大丈夫だろう」と経験則で判断し、実数を把握していない
• 勤怠システムはあるが、「打刻後の残業」や「自宅での業務」がカウントされていない
• 36協定の上限時間数を現場リーダーが正確に把握していない
• 繁忙期に「特別条項」を使える回数の上限（年6回）を超えていたことに後から気づく
• 協定書を締結しているが、労働基準監督署への届出が更新されていない

社長自身が不正を意図しているわけではなく、「管理の仕組みが現場の実態に追いついていない」ことが原因のほとんどです。だからこそ、仕組みで防ぐことが重要になります。

違反した場合のリスク：何がどう問われるのか

36協定（労働基準法第36条）に違反した場合、法律上は以下のペナルティが定められています。

• 6か月以下の懲役または30万円以下の罰金（労働基準法第119条）
• 労働基準監督署による是正勧告・指導
• 是正しない場合の書類送検・公表

罰金額だけ見ると「30万円か」と感じるかもしれません。しかし実際の影響はその数字にとどまりません。

まず、労災事故が発生したときに問題が一気に拡大します。過労死・過労自殺・業務上の傷病が起きた場合、長時間労働の実態は労災認定の判断材料になります。36協定の上限を超えていたという事実は、会社側の「安全配慮義務違反」の証拠として使われます。この場合の損害賠償は数千万円規模になることもあります。

次に、従業員からの未払い残業代請求です。協定違反があるということは、残業の実態管理が甘いということ。適切に時間を管理できていない会社は、未払い残業代の問題も同時に抱えていることが多いです。

また、行政調査が入った場合の社会的影響も見落とせません。厚生労働省は「過重労働解消キャンペーン」として定期的に労基署の調査を強化しています。調査が入れば、過去2年分の労働時間記録・賃金台帳・協定書の整合性がすべて確認されます。

問題が起きる前にできること：予防の要点

36協定の違反予防は「協定を結ぶこと」で終わりではありません。結んだ後の運用管理こそが本題です。以下の3つが予防の柱になります。

①月次での残業時間モニタリング

月末集計では遅い。月の中間時点（15日前後）で部門別の残業実績を確認し、上限に近づいている部門を把握する仕組みを作ってください。1か月単位・複数月の平均・年間累計の3軸で見るのが基本です。

②特別条項の発動管理

年間6回までしか使えない「特別条項」は、発動のたびに記録を残してください。何月に使ったか、誰が承認したか、その際の残業時間は何時間だったか。この記録がなければ、年間の使用上限を超えていても後から気づけません。

③協定書の有効期限と届出の確認

36協定は1年ごとの更新が原則です。有効期限が切れたまま残業させていた場合、その間の残業はすべて「協定なき残業」として扱われます。年度の切り替わりに自動でリマインドされる仕組みを入れてください。

問題が発生したときの対応フロー

「今月、特定の従業員が36協定の上限を超えて残業してしまっていた」と気づいたとき、社長はどう動けばいいのでしょうか。

1. 事実確認と記録の保全：勤怠データ・タイムカード・入退館記録など、実際の労働時間を示す証拠をそのまま保全してください。この段階で数字を修正・削除することは絶対にやめてください。後日の調査で改ざんが発覚すれば、問題が格段に重くなります。
2. 違反の範囲と内容の整理：誰が・何時間・何月に・どの条項（月45時間超、月100時間超など）を超えたのかを一覧化します。
3. 弁護士・社労士への相談：是正の方向性（自主申告すべきか、再発防止策の策定を優先すべきか）は、状況によって異なります。労基署への対応方針も含めて、専門家と確認してください。
4. 是正措置の実施：該当従業員への対応（労働時間の短縮・業務調整）、社内ルールの見直し、管理体制の強化を文書化して実施します。
5. 再発防止策の策定・記録：「何を・いつまでに・誰が」という形式で再発防止策をまとめ、会社の記録として残します。もし労基署の調査が入った際に「すでに是正しています」と示せる状態にしておくことが重要です。

証拠は、紛争になってから急に作れるものではありません。勤怠記録は改ざんせずに保全し、対応の経緯を時系列で残すことが、会社を守る最低限の行動です。

失敗事例の構造：なぜ相談が遅れるのか

弁護士法人ブライトには、「労基署から調査が入ってから」「従業員に弁護士がついてから」初めて相談に来る会社が少なくありません。なぜ相談が遅れるのか。構造的な理由があります。

最もよくあるパターンは、「問題を認識しているが、表に出さないほうがいいと判断してしまう」というものです。「協定を少し超えてしまったけど、従業員は特に何も言っていない。波風を立てないほうがいいだろう」という判断です。

この判断が裏目に出るのは、従業員が退職した後です。在職中は何も言わなかった従業員が、退職後に弁護士に相談して未払い残業代を請求してくる。そのとき、会社側の証拠は「超過していた勤怠記録」だけが残っています。会社が自ら問題を認識しながら放置していたという事実も、交渉や訴訟で不利に働きます。

もう一つのパターンは、「管理職が社長に報告していなかった」ケースです。現場のリーダーが「忙しい時期だから仕方ない」と自己判断し、数字を社長まで上げていなかった。社長が問題を知ったのは、従業員からの内部告発や労基署の調査通知が届いてからだった。

いずれも、「早い段階で相談していれば、対応の選択肢がはるかに広かった」という共通点があります。

うちの会社ではどう考えればいいのか

会社の規模・業種・繁忙期の波によって、36協定の管理課題は大きく異なります。「正解の運用」は一つではありません。ただ、判断の軸として以下を確認してください。

• 現在の36協定の上限時間数を、現場の管理職全員が正確に把握しているか
• 月次で残業実績を協定の上限と照合する仕組みがあるか
• 特別条項の発動履歴が記録されているか
• 協定書の有効期限を管理し、更新手続きが自動でできているか
• 勤怠管理システムが「実際の労働時間」を正確に捉えているか（打刻漏れ・テレワーク分を含む）

このうち一つでも「自信がない」と感じるものがあれば、それが今の会社のリスクポイントです。一度、顧問弁護士や社労士と一緒に現状を確認する機会を作ることをお勧めします。

再発防止策：仕組みで防ぐための3つの柱

36協定の違反を仕組みとして防ぐには、「規程」「数値管理」「相談経路」の3つを整えることが重要です。

①就業規則・社内規程への明文化

残業の事前申請・上長承認フロー、特別条項の発動手続き、月次の実績報告ルールを就業規則または別規程に明記してください。「なんとなくの運用」は、管理職が変わるたびにリセットされます。

②アラート設計

勤怠管理システムに「月の残業時間が〇〇時間を超えたら管理職・人事に自動通知」という設定を入れてください。協定の上限より5〜10時間早い段階でアラートが出るようにするのが実務的です。

③定期的な法務チェック

半年に一度、または繁忙期の前後に、協定の運用実態を弁護士・社労士と一緒に確認する機会を設けてください。問題を早期発見することで、対応の選択肢が格段に広がります。

36協定の管理は「守っているかどうかのチェック」だけでなく、従業員の健康を守り、会社への信頼を積み上げる継続的な経営課題です。

36協定の運用改善はスポット対応で終わらせるべきではありません。就業規則・労働時間管理規程の整備から、日々の現場での判断が迷ったときにすぐ確認できる体制まで、継続的にカバーする仕組みが必要です。弁護士法人ブライトでは、企業法務部の弁護士歴平均14年以上のチームが、顧問先142社の実名を公開しながら「みんなの法務部」として機能しています。「協定の更新手続きをそろそろ確認したい」「繁忙期を前に労働時間管理を見直したい」そうした日常的な相談こそ、顧問弁護士が最も力を発揮できる場面です。揉めてから弁護士を使うのではなく、揉めないように弁護士を使う体制が、会社を長く守ります。

よくある質問

Q. 36協定の上限を1〜2時間超えた程度でも違反になりますか？

A. 法律上は1分でも上限を超えれば違反です。ただし、実際に行政処分や書類送検に至るかどうかは、違反の程度・継続性・会社の対応姿勢など総合的に判断されます。「少しだから大丈夫」という判断は危険です。問題に気づいた段階で、是正措置を記録に残しながら速やかに対応することが重要です。

Q. 従業員が自発的に残って働いていた場合でも、会社の責任になりますか？

A. 「本人が望んでやっていた」という事情は、会社の責任を免除しません。労働時間の管理は会社の義務です。従業員の意向にかかわらず、上限を超えた労働を許容・黙認した場合は会社の責任になります。「残業申請がないから把握できなかった」という主張も、管理体制が不十分だったと判断されるリスクがあります。

Q. 特別条項は年6回まで使えると聞きましたが、「6回」の数え方がよくわかりません。

A. 特別条項が適用された月を「1回」とカウントします。1月・3月・5月・7月・9月・11月の6か月に適用した場合、それで年間の上限に達します。同じ月に複数人が対象になっても「1回」です。ただし、適用月が複数にまたがる場合の解釈は実務上複雑になることもあるため、社労士・弁護士に確認することをお勧めします。

Q. 労基署から是正勧告が来た場合、どう対応すればいいですか？

A. 是正勧告書には、指摘された違反内容と是正期限が記載されています。期限内に是正報告書を提出する必要があります。重要なのは、「事実をありのままに説明し、具体的な是正策を示すこと」です。事実を隠したり曖昧な回答をしたりすると、調査が継続・拡大するリスクがあります。初動対応の方針については、できるだけ早く弁護士に相談することをお勧めします。

この記事の監修者

和氣 良浩（わけ よしひろ）

弁護士法人ブライト｜代表弁護士／パートナー弁護士

大阪弁護士会／大阪大学法学部卒

専門：顧問弁護士・企業法務・M&A・経営権紛争・事業再生

36協定の運用管理・違反時の対応・就業規則の整備など、労務リスクを継続的に相談できる顧問弁護士をお探しの方は、弁護士法人ブライト「みんなの法務部」にお問い合わせください。顧問先142社の実名を公開しており、企業法務部の弁護士歴平均14年以上の経験豊かな弁護士が対応します。企業法務窓口：06-4965-9590（平日9:00〜18:00）